企业版的组织架构是平行的，不存在上下级关系，支持单组织和多组织，支持组织变更（合并、拆分、撤销、职能变更）和组织复制新增。
旗舰版的企业建模包括组织和人员以及基础资料管控，业务单元和行政组织架构都是有层级的，支持单组织和多组织，多组织特性是阶梯定价。
基础资料管控策略
企业版的基础资料管控策略支持共享、分配和私有三种类型，分配型需要先在资料分配前设置使用组织范围。
旗舰版的基础资料管控策略支持共享、分配/局部共享和私有三种类型，分配/局部共享是通过管控策略设置-分配方式中的类型来区分是采用分配还是局部共享。
企业版是基于传统的架构，而旗舰版是基于苍穹架构，支持容器化部署和分库操作，极大提高系统性能和稳定性。云星空企业版是基于星空BOS平台开发的系统。而相对的旗舰版和标准版是采用云原生平台开发的。至于语言，企业版使用的是.net，旗舰版使用的JAVA。
在基础的总账、报表、合并报表这三大模块上，旗舰版对比企业版提升不大，只是一些小功能的补充。在费控模块上，旗舰版继承了星瀚的大部分特性，整个模块的深度和扩展性对比企业版有了很大进步。电子会计档案和智能税务模块，旗舰版对比企业版在功能性上也有了很大的补足。
企业版迁移到旗舰版需要升级到V9.0版本，但不需要升级客户的企业版生产环境，可以通过备份出原账套，在迁移专用电脑上安装V9.0企业版，然后升级这个账套做迁移。
